北方偉業(yè)計(jì)量集團(tuán)有限公司
2結(jié)果
2.1 YXST入血成分的鑒別
根據(jù)前期對(duì)YXST化學(xué)成分定性分析的結(jié)果,本研究對(duì)YXST灌胃給藥前后的大鼠血漿進(jìn)行比對(duì)分析,通過提取母離子、比較保留時(shí)間和質(zhì)譜裂解規(guī)律,同時(shí)結(jié)合文獻(xiàn)和對(duì)照品信息,對(duì)YXST的入血成分進(jìn)行了鑒別。給藥前后大鼠血漿在正負(fù)離子模式下的總離子流圖見圖1,從中共定性鑒別出26個(gè)原型成分,分別為葛根素、甘草苷、丹酚酸B、靈芝酸A、黃連堿、藥根堿等,具體信息見表1。
2.2靶點(diǎn)收集與YXST治療冠心病潛在靶點(diǎn)的篩選
通過檢索STITCH、TCMSP和Binding DB數(shù)據(jù)庫,收集得到19個(gè)入血成分對(duì)應(yīng)的655個(gè)靶點(diǎn),合并后共得287個(gè)成分靶點(diǎn)。根據(jù)TTD、DrugBank、PharmGKB、MalaCards和CTD數(shù)據(jù)庫,合并去重后共獲得199個(gè)冠心病相關(guān)的疾病靶點(diǎn)。并不是所有的入血成分靶點(diǎn)都能發(fā)揮特定藥效。因此,首先將287個(gè)成分靶點(diǎn)與199個(gè)疾病靶點(diǎn)進(jìn)行關(guān)聯(lián),篩選得到42個(gè)重疊的靶點(diǎn),即為YXST治療冠心病的直接作用靶點(diǎn),結(jié)果見圖2。此外,為進(jìn)一步分析與疾病靶點(diǎn)存在間接作用的成分靶點(diǎn),把成分靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)導(dǎo)入STRING數(shù)據(jù)庫進(jìn)行PPI分析,將獲得的數(shù)據(jù)利用Cytoscape進(jìn)行可視化。其中,成分靶點(diǎn)與疾病靶點(diǎn)不能直接或間接與彼此相互作用的節(jié)點(diǎn)被去除。再利用Network Analyzer插件對(duì)該P(yáng)PI網(wǎng)絡(luò)中所有節(jié)點(diǎn)的degree值進(jìn)行分析,計(jì)算得平均degree為18.33。篩選degree大于平均degree 2倍的節(jié)點(diǎn)作為hub node,共有54個(gè)節(jié)點(diǎn)符合標(biāo)準(zhǔn)。在這些hub node中,有40個(gè)是成分靶點(diǎn),26個(gè)是疾病靶點(diǎn),除去兩者重疊的12個(gè)靶點(diǎn),剩下的28個(gè)成分靶點(diǎn)即為YXST治療冠心病的間接作用靶點(diǎn),結(jié)果見圖2。將42個(gè)直接靶點(diǎn)與28個(gè)間接靶點(diǎn)合并即得YXST治療冠心病的潛在靶點(diǎn)。70個(gè)潛在靶點(diǎn)信息見圖2。
2.3功能注釋及通路分析
對(duì)YXST治療冠心病的潛在靶點(diǎn)進(jìn)行GO功能注釋分析,結(jié)果見圖3。70個(gè)潛在靶點(diǎn)主要富集于胞外刺激反應(yīng)、氧化應(yīng)激反應(yīng)、炎癥反應(yīng)的調(diào)節(jié)、活性氧代謝過程的正調(diào)控、藥物反應(yīng)等生物過程(biological process,BP);主要涉及膜筏、膜區(qū)、囊腔、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)內(nèi)腔、血漿脂蛋白顆粒等細(xì)胞組分(cellular component,CC);主要影響MAP激酶活性、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)-絲氨酸/蘇氨酸激酶活性、核心啟動(dòng)子序列特異性DNA結(jié)合、血紅素結(jié)合、受體調(diào)節(jié)活性、細(xì)胞因子受體結(jié)合等分子功能(molecular function,MF)。進(jìn)一步對(duì)潛在靶點(diǎn)進(jìn)行KEGG通路富集分析發(fā)現(xiàn),YXST治療冠心病主要涉及晚期糖基化終末產(chǎn)物-晚期糖基化終末產(chǎn)物受體(advanced glycationend products-receptor foradvanced glycationend products,AGE-RAGE)、動(dòng)脈粥樣硬化、TNF、IL-17、C型凝集素受體、Th17細(xì)胞分化、Toll樣受體等信號(hào)通路,結(jié)果見圖4。
2.4網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建及分析
YXST“入血成分-潛在靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò)共包含86個(gè)節(jié)點(diǎn),矩形表示入血成分有16個(gè),圓形表示潛在靶點(diǎn)有70個(gè);邊共有191條,表示化合物和靶點(diǎn)之間的聯(lián)系,結(jié)果見圖5。利用Network Analyzer插件對(duì)網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)湫再|(zhì)進(jìn)行分析,以節(jié)點(diǎn)度、介數(shù)中心度和緊密中心度為標(biāo)準(zhǔn)對(duì)入血成分和潛在靶點(diǎn)分別進(jìn)行篩選,詳細(xì)信息見表2。3項(xiàng)數(shù)值均在平均值以上的關(guān)鍵化合物有3個(gè),為大豆苷、小檗堿、葛根素。3項(xiàng)數(shù)值均在平均值以上的關(guān)鍵靶點(diǎn)有16個(gè),為PTGS2、PTGS1、NOS2、ESR1、NOS3、HSP90AA1、ADRB2、ESR2、MAPK14、CASP3、JUN、PPARG、AKT1、TNF、MAPK3、MAPK1。這些成分和靶點(diǎn)很有可能是YXST治療冠心病的藥效物質(zhì)和作用靶點(diǎn)。
聲明:本文所用圖片、文字來源《中國(guó)現(xiàn)代應(yīng)用藥學(xué)》2020年8月,版權(quán)歸原作者所有。如涉及作品內(nèi)容、版權(quán)等問題,請(qǐng)與本網(wǎng)聯(lián)系
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